豬隻水疱性疾病主要有口蹄疫(FMD)、豬水疱病(SVD)及水疱性口炎(VS)等三種甲類動物傳染病。口蹄疫又可分為O、A、C、Asia1、SAT1、SAT2及SAT3 等七種血清型，水疱性口炎亦可分為Indiana 1、2、3 及New Jersey等四種血清型，豬水疱病則僅有一種血清型。由於豬隻感染此三種水疱性疾病出現的臨床症狀相當類似，因而水疱性疾病的鑑別診斷在動物疾病防疫上顯得相當重要。首先收集GenBank 及國內有關口蹄疫病毒(FMDV)、水疱性口炎病毒(VSV)及豬水疱病病毒(SVDV)之核酸序列，設計病毒特異性引子三對及特異性探針二十條。其原則為特異性引子需能增幅該病毒所屬的不同血清型及其亞型病毒株，並於所增幅的區間內具有足夠的核酸變異以便設計探針來區別不同基因型。再利用multiplex RT-PCR的方式增幅上述三種病毒，取其產物與點製在高分子塑膠材質上之專一性探針進行dot blot hybridization，以確認病毒型別並區別不同基因型。結果顯示，利用生物晶片技術平台與RT-PCR 檢測技術進行整合，成功的建立豬隻水?性疾病的基因晶片診斷系統。本系統可鑑別上述三種病毒十二種血清型包含十七種亞型，計有FMDV 中的 O、A、C、Asia1、SAT1、SAT2及SAT3 等七種血清型包含十二種亞型，VSV中的Indiana 1、2、3 及New Jersey等四種血清型及SVDV等病毒株。