西尼羅病毒為黃病毒屬（Flavivirus）病毒，藉由蚊子叮咬而感染人、馬及野鳥中樞神經。在過去十年間，此病毒自原先僅引起散發病例及輕微病症，轉變為具流行性及致死性，其疫區並不斷擴大，如美國自從1999年首度發現西尼羅病毒腦炎後，目前已造成上萬病例及數百人之死亡。因此本病為近年來重要之新興人畜共通傳染病。由於全球交通日益頻繁，及此病可藉候鳥遷徙來傳播病毒，且並無有效疫苗或治療方法可供利用，為控制此疾病最重要的是能提供確切的流行病學資訊，因而對於西尼羅病毒感染症之監測、診斷與實驗室之建立工作刻不容緩。而野鳥是西尼羅病毒之感染窩動物，因此野鳥體內含病毒與否，對於監測西尼羅病毒感染症是關鍵之重要指標。自1997年香港禽流感事件之後，本所已連續進行六年之候鳥帶毒監測計畫，每年監測樣本數2000個以上，對於野鳥病原之監測相關工作相當熟稔。且由於此病毒具高度危險性，其操作必須在第三級生物安全性要求的實驗室，而本所目前為我國在動物疾病領域中唯一符合之實驗單位，故對於此疾病之監測、診斷與實驗室之建立工作責無旁貸。

本所於94年度之相關計畫包括行政院農業委員會之「人畜共通傳染病-西尼羅病毒感染症及Q熱之診斷實驗室建立」及行政院衛生署疾病管制局之「人畜共通傳染病宿主動物監測先驅研究」計畫，今年截至目前為止，已檢測共458件野鳥檢體，結果均呈陰性。