本所在2003年從金門四隻走私紅面番鴨分離到一株H5N1家禽流行性感冒病毒（A/Duck/China/E319-2/03）。此病毒核酸及胺基酸經序列比對及樹狀圖分析證實與越南及泰國感染人類導致死亡之禽流感病毒最相近，這些H5N1病毒在近期的演化上可能來自共同祖先。經由病原性分析證明此病毒在雞隻為高病原性（HPAI），其血管注射病原性指數（IVPI）可達2.87。感染雞隻不管以血管內注射或鼻腔感染途徑皆在72～96小時內達到100%死亡。然病毒在老鼠攻毒模式由鼻腔感染並未出現明顯臨床症狀及死亡。增殖分析也顯示病毒只出現在老鼠之呼吸系統。這些結果證實此病毒株對哺乳類包括人類可能無病原性。這種在雞隻及小鼠病原性的差異極可能是單一核?酸的改變所導致。