家禽流行性感冒(AI)感染的宿主範圍很廣泛，對每一種禽類都有不同程度的感受性。為執行台灣地區高病原性家禽流行性感冒監控工作，自1998年以來，逐年進行台灣各種禽類AI病毒學監測，監測之種類包括野鳥、家鴨、雞及各種輸入台灣之鳥類等。結果在連續五年10,945個野生水禽樣本數中分離到232株病毒（分離率2.1﹪），金門輸入台灣鳥類2,270樣本數中分離到病毒3株（0.13﹪），包括八哥、相思鳥及畫眉鳥，由國際機場輸入鳥類檢測AI監測之結果，在1,058樣本數中分離5株AIV（0.47﹪），1999年10月起鴨場及活禽市場家鴨監測5,654個樣本數中分離79株病毒（1.4﹪），我們並由2001年以來的140件雞隻送檢病例中分離到10株H6N1病毒株（7.14﹪）。以HI、NI法配合PCR檢測分析各毒株亞型分布，除了由雞隻發現的皆為H6N1外，由金門及國外輸入台灣的飼鳥中以H3N8為主，其他扮演帶毒角色的鴨群則帶有豐富多樣的不同亞型，家鴨以H3N8、H4N6、H5N2及H7N7為主，而遷徙的野鴨則帶有多達20種不同HN組合病毒株，展現帶毒毒株亞型的多樣性，以上毒株皆為弱毒株，沒有高毒力株發現。