2.3.4.4分支H5亞型高病原性禽流感病毒自2014年起於全球持續擴散，近年因野生禽類帶毒與頻繁重組，疫情遍及除澳洲外各大陸。臺灣自104年起遭2.3.4.4c分支H5N2亞型、H5N3亞型及H5N8亞型入侵，再於110年檢出2.3.4.4b分支H5N2亞型，以及111年11月2.3.4.4b分支H5N1亞型入侵，並於112年取代既有病毒株，持續成為禽場主流行株至今。在家禽運銷頻繁、飼養型態多元及高抗體背景下，病毒軌跡與演化日益複雜。114年研究計畫為禽場外圍環境監測與病毒基因體分析，禽場外圍環境監測於114年第四季完成255場次環境採樣，檢出9場陽性（3.5%），以水禽場風險最高，並成功於蛋雞場檢出H6N1亞型，顯示具早期預警效能。同時於基因體分析計畫完成44株禽流感病毒次世代定序，確認國內H5N1亞型病毒仍流行多種基因型，並解析其親緣關係與重要跨物種位點。整體結果顯示，結合環境監測與高解析度基因體分析，有助於掌握病毒演化趨勢、評估跨物種風險，並作為後續防疫策略與產業鏈監測之科學依據。