生物晶片檢驗技術為近幾年來重要的生物技術之一，它突破已往傳統檢測技術的極限，於單一晶片上可同時檢出多種病原。本所去年首先針對感染豬隻的重要病毒：豬瘟病毒(Classical Swine Fever Virus; CSFV )、口蹄疫病毒( Foot and Mouth Disease Virus; FMDV )、豬水疱病病毒( Swine Vesicular Disease Virus; SVDV)、牛病毒性下痢病毒（Bovine Viral Diarrhea Virus; BVDV）及豬環狀病毒(Porcine Circovirus; PCV)等，利用生物晶片技術平台與本所研發的PCR檢測技術進行整合，成功地建立豬隻病毒性疾病的生物晶片診斷系統。本系統目前分成兩組，一為CSFV、BVDV及PCV為主的整合型生物晶片，主要針對CSFV中的LPC疫苗型、本土型、外來型病毒株及近親病毒BVDV與PCV中的PCV1、PCV2等病毒株進行區別鑑定；二為引發豬隻水疱性疾病的整合型生物晶片，主要含FMDV中的O/ Taiwan/ 97及O/ Taiwan/ 99病毒、腸病毒中的SVDV及CoxsackieＢ-5病毒及常見感染豬隻的PCV病毒進行區別鑑定。本系統初步結果顯示，兩組生物晶片，在病毒種間（Inter-species）特異性上，均呈專一的結果。而在種內（Intra-spceies）的特異性方面，本系統也成功地區分CSFV三型、PVC二型、FMDV二型及SVDV等四種病毒。本試驗結果顯示，藉由RT-PCR及雜交技術，生物晶片不僅可達到同種病毒間不同血清型病毒株的區別診斷，對於相同血清型間不同基因型的病毒株也有很好的區別診斷效果。