為了防範高病原性家禽流行性感冒H5N1由香港傳入台灣，本所在八十六年底依據「省政府農林廳防範香港之高病原性家禽流行性感冒處理方案」，著手進行家禽流行性感冒由境外傳入的可能原因之一：候鳥帶毒傳播之監測計畫。本監測工作結合了民間社團組織之各縣市野鳥學會的力量，在八十七年二月至四月期間進行了台灣本島、澎湖及金門地區共計18處候鳥棲息濕地807野鳥排遺樣本之家禽流行性感冒帶毒監測。監測結果並無H5N1病毒及任何高病原性家禽流行性感冒病毒帶毒之發現。顯示國內目前尚無H5N1或其他高病原性家禽流行性感冒經由野鳥境外傳入的威脅性存在。但並不能解除H5N1未來（冬季候鳥再度來台渡冬）由境外傳入的可能性。