台灣於1972年由呂榮修博士發現鴨感染家禽流行性感冒病毒之首例，並分離出H6N1血清亞型之病毒株，之後陸續針對此一疾病進行調查，而根據近年來所進行之家禽流行性感冒病毒之抗體監測，發現台灣雞群中普遍存在H6血清亞型之抗體，而先前所進行之監測計劃由雞群中分離出之病毒株均屬於H6N1血清亞型之病毒株，家禽流行性感冒病毒屬於正黏液病毒之A型流行性感冒病毒，基因體分成八段，可轉譯出十種蛋白，各具有其特性，為了解台灣雞群中所流行之家禽流行性感冒病毒之演化，利用分子生物之技術成功的將所分離之19株家禽流行性感冒病毒八段基因體完成定序，在血球凝集素（HA）之基因的演化比較中其基因的相似度在88.0-99.6 %，而在神經氨酸酶（NA）的比較上發現有些病毒株與香港H5N1病毒株出現片段氨基酸缺損之情形，只是缺損之區段不同，而非結構蛋白（NS）基因更出現野鳥分離株與一株雞隻分離株和歐美分離株較相近，屬於B群歐美分支，為野鳥病毒株侵入雞群之直接證據。