為提供牛流行熱疫情的預警，分別於2000年3月和6月及2001年4月及10月，針對全台灣16個縣(市)的68個乳牛戶，逢機採集血清共8694支進行血清中和抗體力價調查。2000年3月份的抗體力價平均值為21.43倍；6月份的力價平均值為80.03倍。2001年4月份抗體力價平均值為55.5倍；10月份力價平均值為125.85倍。

若以32倍具有保護能力血清抗體力價為一分界點，將牛隻以力價分類，在2001年4月時62.23 % 的牛隻其抗體力價具有保護性，但其餘37.77%的牛隻抗體力價皆不足以保護牛群抵抗野外感染。故於8月份颱風過後蚊蟲大量繁殖，致使傳播病毒之媒介滋生而爆發疫情。

該次疫情所分離之病毒株定名為YL-2001年，比較疫苗株、TC-1996 、TN-1999、YL-2001與日本株(NIAH、YHL)及澳洲株(CS1818、CS1619、BB7721、CS1647、CS42、CS1180)其G protein的核酸序列，結果可分成兩大群， 澳洲株為一群，日本與台灣為另一群，而台灣株又可分成兩群。比較台灣株之G protein的氨基酸序列，疫苗株與其它株核酸序列相似性為96.9%-97.2%；氨基酸核酸序列相似性高達97.1%-97.6%。而於抗原決定區有三個氨基酸發生改變1)A220變成E220， 2) R270變成Q270，3）NLN499變成NLS499，其中E220及Q270對抗原性的影響並不顯著，但N-X-S/T為Glycosylation site， NLS499對抗原性的影響，仍需進一步的實驗才能得知。