分所化檢系已於89年2月通過實驗室認證，總所四個研究系以及分所生檢系，也開始以重要業務為主題開始實驗室認證申請之準備工作。畜牧獸醫在實驗室認證之申請，有肉基會的屏東服務中心，畜產試驗所營養系，以及豬場認證（農場認證）。認證推廣與實施在國內早已多年， ISO 9001、ISO 9002、ISO14000；國內家畜醫院也多有著手於ISO 方面之申請。認證為各認證委員之下的認證體系，各個固定的運作單位，在申請項目，依認證體系要求，做出標準操作程序，據以施作，留下紀錄，定期內部檢討，以及接受外部抱怨，不斷改進，認證通過申請之後，還要接受往後定期的內外部稽核、審查，以期不斷改進及維持一定水平。認證體系都為已經或將走上世界統一歸定的國際組織，參加認證體系就是接受國際性規範，也是踏入國際性組織的第一步，希望大家都能全面迎接認證時代的來臨。認證是國際性的趨勢，只要我們去接受他，其實是因勢力導，永遠可以跟著他的腳步，順利的走下去。