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肉豬及母豬鼻鏡皆可見明顯水泡產生，內含清澈透明之水泡液，破裂之水泡處可見糜爛破潰樣病灶以及痂皮形成(圖1，2)。

保育豬及哺乳豬外觀正常皆無可見病變。

　　自86年3月起，因臺灣本島爆發豬隻口蹄疫，為避免疫情蔓延至澎湖縣，故澎湖縣禁止自臺灣本島輸入豬隻，並為全縣豬隻全面施打疫苗來預防。直到87年12月起才開放豬隻之輸入，但都需經過14天的隔離檢疫後才准予入境。此外，為特別因應豬源缺及農曆年節當地民眾之肉品需求，澎湖縣自88年1月13日起至25日止開放由雲林縣肉品市場來進行肉豬之承銷，將活體豬由嘉義布袋港運送至澎湖隔離站，第二天就直接送至肉品市場屠宰，所以這些豬隻並未接受完整的隔離檢疫。此外，該畜主的太太是豬肉零售商，曾於上述期間至澎湖縣肉品市場批購自臺灣本島輸入之肉豬至市場販售，且返家後又在自家豬場幫忙養豬，是否因販售豬肉時接觸到潛伏感染而未發病的豬隻，又未注意清潔消毒而將病毒帶回自家豬場則為一可能之傳染途徑，需進一步再加以證實。

　　該場口蹄疫疫苗之免疫情形依畜主稱為仔豬斷乳後只接種一次，而動植物防疫檢疫局會同本所人員前往查看時發現該場所使用之口蹄疫疫苗已超過有效期限，所以該豬場雖經口蹄疫疫苗免疫，但可能因免疫失當而導致該場豬隻抗體低落，所以外來病毒入侵時無法達到預期的保護效果。該場豬隻經本所確診為豬隻口蹄疫後，為瞭解該場口蹄疫爆發之疫情與追蹤感染的時間與感染源，本所豬瘟系以中和試驗來進行血清抗體力價的測定，以進一步分析該場豬隻之口蹄疫抗體力價。結果於2月24日所採集之16個血清樣本中，肉豬之抗體分別為362倍、91倍、64倍、32倍、23倍各一頭，小於3倍者有三頭；該場於88年1月自高雄縣阿蓮鄉進口之種公豬抗體為11倍；母豬的抗體力價有三頭皆小於 3 倍，其中值得注意的是：有二頭母豬的抗體力價高達512倍。依據本所於 87 年度所進行的臺灣口蹄疫病毒分離株人工感染豬隻驗試之結果顯示，於人工接種病毒後21天可達530倍的力價，所以由此推測可能在2月初即有外來口蹄疫病毒入侵至該豬場。此外，由於畜主是在 2月 18日才開始發現豬隻蹄部出現水泡，因此依照傳染病發生的理論而言，往前推算約7～10天之潛伏期則該場豬隻可能是在2月10日左右遭到口蹄疫病毒的感染。綜合前述之實驗室檢驗與傳染病理論之輔證可推測該場口蹄疫病毒的感染時間可能是在 2 月初，至於病毒的來源以及是由何種管道進入該豬場的（空氣、豬隻、人為媒介、機械媒介）則是有待深入追查。