台灣自1997年12月1日起開放人工飼養鴕鳥進口，有意飼養鴕鳥者除了注意鴕鳥的營養需求及飼養管理外，也應對鴕鳥常見的疾病加以防範，根據國外資料，飼養的鴕鳥常見的疾病有：

1. 黴菌感染：

   麴菌症（Aspergillosis）是鴕鳥最常見的黴菌感染性呼吸道疾病，尤其幼齡鴕鳥因為抵抗力較差，更容易感染。另外白色念珠菌 （Candida albicans）感染上部消化道也常見。

2. 細菌性感染：

   綠膿桿菌（Pseudomonas aeruginosa）常見於衛生管理不良及濕冷氣候下感染幼齡鴕鳥，感染的鳥類大部分呈類似麴菌感染之呼吸道肉芽腫病變。另產氣梭狀桿菌（Clostridium perfringens）感染引起嚴重的出血性壞死性腸炎在鴕鳥也很重要。其他如大腸菌性敗血症在鴕鳥也與其他禽類一樣引起肝包炎、心包炎和氣囊炎，幼齡鴕鳥亦常見大腸菌存在卵黃引起之臍帶炎。

3. 病毒感染：

   鴕鳥感染較重要的病毒性疾病有家禽流行性感冒（Avain influenza）、新城病（Newcastle disease）和禽痘（avianpox），前面兩者引發呼吸道及腸道問題，後者造成了口腔偽膜及皮膚發痘的病變。

4. 原蟲及寄生蟲感染：

   鴕鳥可感染許多內、外寄生蟲，如蛔蟲、毛細線蟲及羽蝨等，原蟲性疾病常見的有組織漿胞蟲引起的黑頭病及球蟲感染。

5. 其他疾病：

   某些情況如壓迫阻塞、異物、毒性物引起之肌胃潰爛、巨大細菌、黴菌和寄生蟲性胃炎引起肌胃停止收縮，使食物無法由腺胃送至腸管，引起2次性的肌胃潰瘍。雖然鴕鳥在此情況下仍有進食，但食量減小，終究因消瘦衰弱而死亡。

   骨骼彎曲：鴕鳥的腿骨因代謝性問題而致骨骼彎曲，原因在幼齡用高蛋白飼料上添加的礦物質不平衡，造成体重超重、骨骼不完全骨化而扭轉、彎曲變形。

   腸套疊及大腸扭轉可能因食物的突然改變而發生於鴕鳥。