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吳郭魚向來被視為抗病力極強的魚種，因其抗病性強且對環境要求不高才引進台灣。目前由於放養過密，及養殖環境變遷，疾病遂逐漸顯現，然而造成乾淨場發病的最大原因仍為引入污染病原的吳郭魚為主，水質不良為輔。以下將依序簡介吳郭魚的水質需求、常見疾病及防治。

　　養殖首重水質的管理，水質環境良好則疾病無由產生。吳郭魚養殖最適當的範圍為水溫界於24-35 oC，pH 界於6.8-8.5， 溶氧應大於 5 ppm，NH3 應小於0.05 ppm。然而吳郭魚所能容忍的惡劣水質範圍如下，水溫可界於16-35 oC間，溶氧最低要求為 1 ppm，pH為 5-11，NH3最高容忍濃度為2.4 ppm。 可見吳郭魚為一種對惡劣環境容忍極高的魚類。

　　常見的細菌性病原為Strptococcus及Aeromonas。Flavobacterium columnare較少見。在台灣則尚有一種類立克次體症，也常發生。

　　發生在吳郭魚的鏈球菌有數種。但是 Streptococcus iniae 為目前世界上最多發的養殖吳郭魚疾病，本菌最早於1972由一種產於亞馬遜河的瓶鼻海豚（Inia geoffrensis）的皮下創傷中被分離，因以為名。1986年在引起虹鱒、吳郭魚腦膜腦炎的病魚中也被檢出。本菌在正常及罹病吳郭魚皆被分離到，而且本菌亦為水中的常在菌，暗示本病可能由緊迫等誘因引起。本菌引起出血性敗血性疾病，罹病魚外觀呈現虛弱、 食慾廢絕、 有時呈現迴旋運動、角膜混濁、 凸眼、肛門及鰭基部變紅；眼睛、鰓及肌肉出血。解剖病變可見內臟出血、腹水，腎、 脾及肝腫大。患部塗抹染色鏡檢可初步診斷。抗生素可以控制，但極易引起抗藥性，因此同一魚場須採取數種有效藥物的輪替使用，以免造成抗藥性。此外需注意飼養管理，降低緊迫之發生。常用口服藥物為Tetracycline 75-100 mg/kg of fish/day for 10-14 days, Erythromycin 25-100 mg/kg of fish/ day for 4-21 days, OTC 50-75 mg/Kg of fish/day for 10 days, Amoxycillin 40 mg/kg of fish/day for 5 days。然而真正投藥應分離本菌進行藥物敏感試驗，依照獸醫師指示投藥。本菌為一人畜共通之細菌，會經由傷口引起人類的局部性蜂窩組織炎，因此年長、年幼及有免疫抑制現象的人處理吳郭魚時須特別注意。

　　Aeromonas hydrophila 除引起吳郭魚出血敗血性疾病，尚可引起許多淡水魚與海水魚（目前僅一例）的出血性敗血疾病。雖然於1891年就被分離出，但目前世界上仍有兩派學者相持不下，一派認為本菌為二次感染菌；另一派則認為本菌為絕對病原菌。由於本菌廣泛存在水環境中（不論是污染或是乾淨的水域）極某些低鹽度的水域，甚至正常魚類的腸道。基於發病吳郭魚均經歷較差的水質環境，捕捉或密飼，本人相信是緊迫引起的二度感染導致本病。症狀如同鏈球菌的感染，臨床可見體色變黑、體表及鰭基底部出血，嚴重者出現潰瘍。剖檢可見臟器鬱血及出血、腹水，腎、 脾腫大。由於極差的水質才會產生此病，因此預防以改善水質及飼養管理為主，勿由感染場進仔魚為輔。 24小時培養，在血液培養基呈β溶血，在MacConkey培養基呈兩種顏色菌落，Oxidase及Indole陽性，可懷疑本菌。藥物治療參考前述抗生素，但應以藥物敏感結果為主，並依照獸醫師指示投藥。本菌可生長在37oC，為一人畜共通之細菌，會引起人類腸胃炎、蜂窩組織炎、敗血症，為機緣性感染，因此年長、年幼及有免疫抑制現象的人處理吳郭魚時須特別注意。

　　Flavobacterium columnare 除引起吳郭魚體表及鰓潰爛的疾病，尚引起許多淡水魚相同的疾病。本菌最早於1922年分離，屬名不斷改變，最後於1996年命名為Flavobacterium columnare。本菌常存在正常及罹病魚體表。本菌為長型大桿菌，在患部組織常常聚集重疊形成高柱狀，因此稱為柱狀病（Columnaris disease），亦因此命名其種名。本病須極度緊迫才能誘發，主要誘因為溫度改變、外傷、水質不佳、 密飼、 營養不良。臨床可見虛弱、食慾不振、游動緩慢，o皮膚及鰭基底出現灰白變色，有的轉成潰瘍。剖檢並無病灶。鰓或患部壓片即可見叢聚大桿菌即可初步診斷。 預防應以改善水質為主。療法參考以下：Copper sulfate 0.1-0.2 ppm，Potassium permangnate 1-2 ppm，Oxolinic acid 1 mg/l of water/ as a bath for 24 hrs，Tetracycline 75-100 mg/kg of fish/day for 10 days，Oxytetracycline 50-75 mg/kg of fish/days for 10 days，藥物治療參考前述抗生素，但應以藥物敏感結果為主，並依照獸醫師指示投藥。

　　類立克次體（Rickettsia-like organism）是一種革蘭陰性細菌，胞內寄生的微生物o感染不同年齡與不同種別的吳郭魚。於 1992 首發於南部，目前已普遍存在台灣成為一種地方病。主要於冬、春兩季（10- 4月）間好發，多發生於低水溫期（15-20 oC）， 感染後不易驅除，遇緊迫則發生。外觀食慾減退， 鰭基部、 肛門變紅 ，皮膚、 鰭出現潰瘍，凸眼。解剖可見脾臟、腎臟、肝、鰓、卵巢出現灰白色結節。以節結做壓片，施以劉氏或快速染色，可見細胞質充滿空泡，空泡中可見染色的菌體。預防應以勿引進發病場的仔魚為主。療法參考以下：oxytetracycline 50-75 mg/kg of fish/days for 10 days. 並依照獸醫師指示投藥。