過去的一二十年，穿透式電子顯微鏡已漸漸成為診斷病毒學常被利用的一重要工具，而電顯使用率的增加主要是因為負染色法技術的發展與建立﹝5,8﹞，這種技術在處理檢體上簡單快速，幾乎所有的生物體組成物及體液皆可被直接拿來觀察，而當電子顯微鏡觀察到特異性病原時，這個結果是明顯肯定而且不會混淆﹝4,7﹞。因此觀察重點要放在加強疾病病原的確認與排除檢體中非病原性物質，這點端賴操作者專業背景及經驗累積﹝1,5,7﹞。

負染色法操作簡單快速解析力強，可於1小時內得到結果，適用於病毒性、細菌性疾病的診斷，尤其是應用在病毒性疾病﹝6,7﹞。病毒的結構多為對稱性，包含立方對稱、螺絲對稱及複合性對稱結構。除了對稱性結構不同可做區別之外，病毒結構構成單位如蛋白衣（capsid）其數量及排列疏密之不同，也會造成病毒顆粒的大小由15 nm至450 nm等等不同的差異。此外病毒封套之有無與其它個別病毒結構特性之差異，都可以利用負染色法在電子顯微鏡下觀察到，進而達到初步診斷的目地﹝2,3,6﹞。

除了負染色法常應用在輔助疾病診斷上外，超薄切片法也是另一個穿透式電子顯微鏡技術，運用在觀察組織顯微變化及病原在細胞內繁殖複製過程等等現象的利器﹝4,5,7﹞，其操作流程繁瑣而複雜且耗時較久，不利於臨床上疾病診斷在時間上的要求，但對於疾病發生之後，檢體組織細胞顯微變化及病原與組織之間的關係，能有更進一步研究探討的空間﹝4,5﹞。