新城病是禽病中最常見之惡性傳染病之一，自1926年新城病被發現，已傳播至世界上大部分國家。此病在各地區之流行不大相同。如1926年英國發現新城病病例，至1928年後已不復見，但東南亞病毒株卻已向外傳播開來，概括而言，新城病被發現至今已發生三次世界性大流行，第一次自1920年代發現後三十年間，由東南亞地區向世界各地傳播（Alexander, 1997）。第二次大流行起源於1960年代末期的中東，養禽事業及貿易行為之發展提供了重要的傳播因子。第三次大流行於1980年代前期，由中東向歐洲傳播（Alexander, 1988；Collins et al., 1996）。台灣最早於1934年由日本人星武提出新城病報告，而三次大流行分別發生在1969、1984、1995年，造成養禽業者重大損失（Yang, 1999）。新城病病毒屬於禽類第一型副黏液病毒，只有單一血清型，而各個不同時期的病毒株可經由單株抗體 (MAb) 區分成A-D群（Ballagi-Pordany et al., 1996）。但各群病毒間之關係並不明瞭。隨著生物技術的發展演進，應用RT-PCR及RFLP技術於F基因，可區分新城病病毒為六大類（Ballagi-Pordany et al., 1996）。經以F2基因序列演化之分析，則可分類成八個基因型（Herczeg et al., 1999）。在台灣，由楊等人針對1995年大流行所進行之分子流行病學分析（Yang et al., 1999），結果顯示在1969年第一次大流行時其病毒株屬於第Ⅲ基因型；1984年第二次大流行時為第Ⅶ基因型；1995大流行時則為第Ⅲ、Ⅶ基因型而1998-2002年則集中於第Ⅶ基因型。本實驗之執行是為監測新城病在台灣之流行狀況，利用病毒株來進行分子演化分析，並且針對近年來台灣所流行之第Ⅶ基因型病毒進行全基因體定序解碼，藉由基因體的解碼可以確實地了解此病毒之基因蛋白組成，更可與以往所使用之疫苗株進行比較分析，一方面藉由已建立之分子流行病學監測模式配合家禽保健中心抗體的檢測提出適時的預警，以確保農戶生命財產、維持民生供需及社會之安定。另一方面，基因體的解碼及生物技術的發展將可進一步深入了解病毒或藉由生物技術來發展生技產業。