分析1993至2001年間台灣分離之豬瘟病毒株E2基因片段，可以明顯地區分出三個不同基因型的病毒株，分別為一個古典型（3.4基因亞型）及兩個外來型（2.1基因亞型）。其中 2.1基因亞型病毒株首先於1994年被分離到並於1996年開始散播。而利用演化樹分析豬瘟病毒E2基因片段可以成功將台灣分離的2.1基因亞型病毒再區分為兩個不同的基因型（分別命名為2.1a及2.1b）。而2.1b病毒只於2001年間被分離到，且與2.1a病毒株間只有94.8%的核酸相似度。這樣的結果說明2.1a及2.1b病毒株間可能來自不同的來源。

關鍵詞：豬瘟病毒、瘟疫病毒鼠、流行病學、演化樹分析