台灣每年均有數千萬隻候鳥陸續自南方(夏候鳥)或北方(冬候鳥)來到台灣。所謂夏候鳥是繁殖地點在泰國等中南半島國家，每年春天會由經廣東、福建沿岸往北抵臺灣，秋季再返回來源地區過冬，如燕、杜鵑、八色鳥、董雞等。而冬候鳥約70 種，其繁殖地主要在西伯利亞、阿拉斯加及中國華北、東北。秋季自北方飛至台灣過冬，翌年春天飛回原棲息地繁殖，這類鳥有鷺科、雁鴨、鷸鴴、鶺鴒、鶇鴝及鶯雀等，彼等自北方南下遷徙至臺灣的路線共有二條：一、太平洋路線：經由堪察加半島、千島群島或庫頁島經日本、琉球至臺灣；這類鳥有一般之岸鳥、涉禽、其他水鳥、以及部份陸鳥如小椋鳥、藍磯鶇、赤翡翠、燕、伯勞、鶇、鶯、雀及灰面鵟鷹等。二、中國沿岸路線：係由西伯利亞經中國東北飛越渤海；或自東北抵達韓國再越過黃海；或經韓國飛至日本，再由日本越過東海至中國。其他尚有過境鳥與迷鳥：前者約95 種，在南遷或北返之遷徙旅途中，僅在台灣做短期停留者。如鷗科、鷹鷲、伯勞、鷸鴴、雁鴨等。迷鳥約100種，是遷徙時迷失方向，意外出現在台灣者[1]。

　　許多研究指出候鳥的遷徙與許多疾病病原體有關，包括病毒性、細菌性、寄生蟲性疾病等，其中最重要的為病毒性疾病，因遷徙性野生水禽繁殖地通常在寒冷的冰雪地帶，是病毒保毒的場所，也是感染新鳥重要的來源。病毒方面，又以家禽流行性感冒(AI)病毒與新城病(ND)病毒最為重要，AI 曾經於1970 年代造成海鷗感染H7N1 群體死亡，學者陸續展開野鳥的流行性感冒帶毒調查研究，最後獲得的共識是，不同品種的鳥類對流感病毒有不同的感受性，不同亞型株對不同種野鳥也有不同的致病性，水鳥感染流行性感冒不會發病，因此是流行性感冒重要的帶原者[2,4,9,10,12]。於2002年，高病原性家禽流行性感冒病毒亦曾於香港造成野鳥與水禽的死亡[18]。Takakuwa 等[19]報告新城病病毒可存在於遷徙性水鳥群中，再傳播至家禽，之後於雞場中經過數代的增殖後，可能會轉變為高病原性之病毒。其他病毒性疾病包括鴨瘟、西尼羅熱與禽痘亦曾被報導與候鳥有關[7,16,20]。細菌性疾病方面，於1984 年的報告指出，罹患家禽霍亂之遷徙性水鳥因棲息於水邊而污染棲息地[15]。另一報告推測候鳥所感染之Campylobacter jejuni 菌株可能與人感染之菌株相似，二者具有相當大的關係[6]。寄生蟲，包括血液寄生蟲、螨(mites)、絛蟲等亦曾在候鳥發現 [8,13]。本計畫即調查與分析候鳥攜帶微生物的種類，並針對對產業及國人的公共衛生問題的影響進行評估。