臺灣自1961年宣告成為狂犬病非疫區以來，已超過50年沒有狂犬病病例報告。2013年7月，2例來自南投縣、1例來自雲林縣疑似狂犬病的鼬獾檢體由臺灣大學轉送至本所狂犬病診斷實驗室，經直接螢光抗體染色法、反轉錄聚合酶連鎖反應及免疫組織化學染色法確診為狂犬病，此為我國50多年來首次發現之本土狂犬病病例。為瞭解臺灣狂犬病流行情形，動物防疫機關展開大規模食肉目野生動物流行病學調查。自2013年7月1日至2014年12月31日為止，共計檢測4,732例動物病例，其中442例(鼬獾439例，鼩鼱、白鼻心及犬各1例)確診為狂犬病，狂犬病陽性率分別為：鼬獾38.82% (439/1,131)、鼩鼱0.58% (1/173)、白鼻心0.47% (1/215)及犬0.04% (1/2,651)。其他物種包括蝙蝠皆為陰性，鼬獾仍為臺灣狂犬病主要之發病動物。依狂犬病病毒核蛋白核酸序列分析結果顯示，臺灣鼬獾病毒株可明顯區分為兩群：(1)中部-南部分群(TW-MS)：包括南投縣、臺中市、雲林縣、嘉義縣、臺南市及高雄市等6縣市；(2)東部分群(TW-E)：花蓮縣、臺東縣及屏東縣等3縣市。TW-MS及TW-E分群彼此間核蛋白基因序列相似性僅91.4-93.5%。本研究結果顯示我國鼬獾狂犬病病毒已形成二獨立演化分支。