本所自1988年建立符合GMP規範之藥廠，本組主要負責家畜禽疫苗及診斷試劑之改良與開發並製造疫苗、儲備與供應。本所擁有20張生物製劑製造許可證，分析自2011年至2015年9月品質管制資料，主要生產的產品包括雞新城病病毒紅血球凝集抗原（4批：合格率100%）、乾燥兔化豬瘟毒種毒（7批：合格率100%）、雛白痢診斷液（11批：合格率100%）、乾燥兔化豬瘟疫苗（63批：合格率100%）、豬假性狂犬病不活化疫苗（5批：合格率100%）、牛流行熱不活化疫苗（11批：合格率100%）、水禽小病毒活毒疫苗（6批：合格率100%）、羊痘活毒疫苗（4批：合格率100%）、石斑魚虹彩病毒不活化疫苗（2批：合格率100%）、水禽雷氏桿菌症不活化菌苗 (第1、2和6血清型)（2批：合格率100%），每年共有二十餘批之不同製劑生產，提供國內防疫及診斷之用。另為提升藥品品質，增加國際競爭力，推動藥品實施cGMP確效作業亦是將來的趨勢。