口蹄疫病毒的結構性蛋白有VP1(1D)、VP2(1B)、VP3(1C)、VP4(1A)等四種，非結構性蛋白則包括L、2A、2B、2C、3A、3B、3C、3D等。其中2A、3C為蛋白酶(protease)，2C為去旋酶(helicase)，3D為核醣核酸聚合酶(RNA polymerase)。以非結構性蛋白抗體區別自然感染與疫苗接種動物之研究始於1960年代，最初以瓊脂膠體免疫擴散法檢測 VIAA (virus-infection-associated antigen)抗體為主。至1990年代則有放射免疫沉降法、免疫轉漬法及酵素連結免疫吸附分析法等技術出現。其中酵素連結免疫吸附分析法(ELISA)除有高敏感性及特異性，亦具有能大量處理檢體的優點。晚近之研究傾向以3ABC與2C抗體作為辨別自然感染與疫苗接種動物的指標。本所目前所使用的二種檢測套組，分別能檢測反芻獸及豬隻血清中之3AB及3B抗體。