本研究是以86年12月及88年2月兩次復發的確診案例(共十二例)之口蹄疫病毒做為素材, 將這十二株口蹄疫病毒與86年大流行時的口蹄疫病毒VP1基因之核酸序列做比對, 結果第一次復發之五株口蹄疫病毒與86年大流行時口蹄疫病毒的VP1基因核酸序列間之差異性為 0.5-2.3%, 第二次復發者則是 0.87-3.5%; 相較之下, 其氨基酸序列的差異, 均約為 0.9-4.3%, 顯然依循著RNA病毒核酸變異的規則在進行, 因此持續監測口蹄疫病毒之核酸序列的變化是件不容忽視的工作。另一方面, 將這些病毒株與國外發生之豬源及牛源的口蹄疫病毒株的核酸序列進行種系演化關係樹狀圖的分析, 可見臺灣株口蹄疫病毒與國外豬源的口蹄疫病毒的演化關係較接近, 尤其是與1995年發生於莫斯科的豬源病毒株最為接近。