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豬瘟病毒屬於 Flaviviridae 之下的 Pestivirus，其基因體為單股正向的RNA，大小約為 12.3 kb，含有一個 open reading frame (ORF)、5'端及3'端的非轉譯區，其中 ORF 轉譯出的 polyprotein 經由宿主和病毒的蛋白?切割為 4 個結構性蛋白 (C、Erns、 E1 和 E2) 和 8 個非結構性蛋白 (Npro、P7、NS2、NS3、NS4A、NS4B、NS5A 及 NS5B)。黃金城博士等人收集 1993 年到 2001 年國內所分離到的豬瘟病毒，分析 E2 及 NS5B 的部分序列結果顯示，台灣的本土型豬瘟病毒歸類為 subgroup 3.4、LPC 疫苗株歸類為 subgroup 1.1；在 1994 年之後開始分離到外來型的病毒株則歸類為 subgroup 2.1，並發現 1996 年以後在台灣田間便分離不到本土型的豬瘟病毒，而是由外來型病毒所取代。由於豬瘟病毒的複雜性，需要進行更深入的研究以了解其毒力因子。之前的研究已可利用分子生物學技術在載體上構築全長豬瘟病毒之 cDNA，將其 transfection 細胞後，可回收具感染力之完整豬瘟病毒。未來擬建構台灣豬瘟病毒本土型、外來型及 ALD 強毒株的全長序列 cDNA，針對特定的基因 (如 E2 或 NS5B) 作深入研究，從分子的角度探討病毒的特性，如：病毒的複製、病毒的毒力因子、病毒和宿主之間的作用關係、病毒的致病機制和蛋白的功能。