豬瘟為一高度傳染性疾病，常併發二次性細菌，如沙氏桿菌之混合感染，是高致死率之法定傳染病。且由於使用豬瘟疫苗防疫時，會遭受移行抗體的干擾，故仍舊無法有效徹底控制豬瘟，經常導致養豬戶重大經濟損失。目前本所的研究結果顯示，台灣過去與現在自野外所分離之病毒株，依病毒結構醣蛋白基因E2序列及非結構蛋白基因NS5B序列，利用DNASTAR軟體分析其序列後，並比對Paton等人所發表之論文，可將病毒區分為兩個主要族群－即本土型與外來型 (native nd invaded strain)，而推測外來之豬瘟病毒為源自1993年歐洲病例所演化移入。進一步分析歷年來台灣地區之豬瘟病毒，發現自民國八十五年以後則未再分離到本土型病毒株，且這幾年來由田間所分離之病毒株皆屬於外來型豬瘟病毒，其中外來型病毒又可細分成兩個亞基因型，而第二亞基因型最早於九十年分離自彰化地區，隨後於雲林台南等地皆有分離出類似之病毒。由於豬瘟病毒之基因極為穩定，中國大陸地區豬瘟流行現況於2001年由涂長春等人所發表之文獻得知，大陸地區流行之豬瘟病毒亦可分成兩大基因族群，其中主要之基因族群亦可細分成三個亞型，我國流行之豬瘟病毒基因經與大陸地區流行毒比對後，結果顯示兩者較為相符。由此結果顯示：取代本土型豬瘟病毒之外來型極有可能來自大陸地區。