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雞傳染性支氣管炎 (avian infectious bronchitis; IB) 是一種具有高度傳染性之病毒性疾病，雞隻不分年齡、品種均具有感受性，尤其以雛雞致死率最高。此病之特色是高傳播力、潛伏期短、發病率幾乎高達100 %，主要造成雞隻換肉率及增重遲緩、產蛋率下降、蛋的品質不佳，若與細菌性疾病混合感染，往往造成雞群死亡率大幅增加。根據台灣地區IB流行病學調查，自1958年發現病例至今，本病一直是台灣地區重要的雞隻傳染病之一。S1蛋白經研究發現具有誘發病毒中和抗體的能力，並證實為血清型別、保護效力與抗原變異的主要決定位，故利用S1之高變異區片段基因進行基因演化分析可為了解台灣地區IB流行病學。本實驗收集台灣雞群所分離之傳染性支氣管炎病毒株，經接種於9-11日齡雞胚胎蛋後增殖病毒，收取尿囊液並以RT-PCR進行確認病毒之存在。參照已發表之各地雞傳染性支氣管炎病毒分離株S1序列，經以DNAstar軟體進行多序列比對後設計出包含四個變異區之引子，以RT-PCR增幅此變異區段基因並直接進行基因序列之解讀，所得各病毒株序列經DNAstar及Phylip軟體分析其親緣關係，結果顯示台灣分離株與其他各地之分離株明顯不同，並分成二個獨立之基因群稱之為台灣第Ⅰ、Ⅱ基因型。根據病毒株分離時間之分析，在1990年以前台灣雞群所分離之傳染性支氣管炎病毒株屬於第Ⅱ基因型，而1990年之後此基因型病毒株仍有零星存在，而第Ⅰ基因型病毒在此時期出現並蔓延全台造成台灣雞群間之廣泛傳播，主要引起病徵為腎臟腫大之腎炎病變稱之為腎炎型，而今年所收集之病例發現除腎炎、呼吸道症狀病變外，更發現有腫頭及腺胃腫大、出血之臨床病變。在核酸序列的分析比對上，將包含四個變異區段之基因片段進行比對，結果發現在第Ⅰ基因型之演化上其相似度達84.9 - 99.9 %，差異度在0.1 -13.3 %，有部分分離株出現缺損1個氨基酸；在第Ⅱ基因型之演化上其相似度達86.7 - 97.7 %，差異度在0.4 -11.4 %；第Ⅰ、Ⅱ基因型間的相似度最高為85.4，而差異度最大達29.8 %，顯示兩基因型間存在相當的差異性，可能演化出不同之血清型。此外另外在我們所收集到之病毒株中發現有二株病毒株在S1基因中被重組置換掉一段約0.7 kb 片段相似於新加坡J1、J2、J3分離株之S1基因，此為本地首次發現基因自然重組之病毒株。
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