自2003年嚴重急性呼吸道症候群（SARS）在台灣爆發感染後，本所承接非人類靈長類動物實驗部分，由國科會補助於國家傳染病診斷實驗室中建立一套可供三級病原攻毒實驗之BSL-3實驗室。經兩年的硬体與軟体建構，於2005年9月本所與國防部預防醫學研究所先後通過衛生署疾病管制局查驗，成為國內可用於動物攻毒實驗的BSL-3實驗室。

兩年來所建構之硬体包括：負壓實驗室、獨立過濾系統、獨立污水滅菌系統、穿牆式高壓滅菌系統、中央監控系統及負壓動物攻毒飼養籠系統，而軟体系統包括：8項操作SOP、緊急逃生訓練、清消作業訓練及各項動物操作訓練與攻毒訓練等。