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延續一九四八年成立之「關稅暨貿易總協定」（General Agreement on Tariffs and Trade；GATT），一九九五年「世界貿易組織（The World Trade Organization；WTO）」正式成立，國際貿易從此由多邊國際協定，轉為更實質性的國際組織運作方式。與動物衛生相關之協定，主要包括「WTO設立協定」之附錄一A 貨品貿易多邊協定項下之「食品衛生檢驗與動植物檢疫措施協定(SPS)」及「技術性貿易障礙協定 (TBT)」，以及附件二之「爭端解決規則與程序瞭解書(DS)」。

SPS協定之精神，強調與國際貿易有關的動物衛生限制性措施應最少，且合乎科學原則；措施修正須事先通知並接受會員評論；措施應依據國際規範（OIE等），否則須經風險評估提供科學性證據；應尋求接受他國措施的同等性（若能達同樣的保護）；對他國輸入物的管理、檢驗或許可，應不差於本國產品之待遇。為落實前述精神，會員國應積極參與指定的國際性組織的標準訂定，採用國際性標準，應用風險評估技術，透明化動物衛生資訊，遵守輸出發證程序的倫理，執行必要的輸入檢疫檢驗程序，現代化實驗室服務，強化資訊、監控與預警服務，現代化資材產品的登記與管理程序，並控制及清除影響貿易之疫病。

SPS協定與TBT協定雖有許多類似的原則，但亦有差異。SPS協定規範人畜食介（food-borne）風險部分、人畜（植物）共通傳染病部分及動(植)物之疫病部分；而TBT協定則涵蓋全部技術性法規、標準及符合性評估程序。屬TBT但非SPS者，如動物或其產品的標示、品質、成分、營養、包裝等。

依據「爭端解決規則與程序瞭解書」，各國對於貿易爭端的解決，已有較以往明確的規則與流程，且流程各階段的處理時間亦加以明定，不易拖延而免於受到貿易制裁。過去6年間，SPS動物衛生爭端案例28例，大致可歸納為：禁止輸入、輸入檢疫條件、輸入措施、證照要求、疫區及動物衛生輸入政策等類別。

有鑒於WTO各協定或其指定之國際性組織（動物衛生部分為OIE）所定之標準，係為會員國動物衛生措施之基礎，強調應以科學性證據作為各項措施之根本，獸醫同仁須了解與應用其規定，方能正確提供防檢疫機關之支援，防止或減少動物及其產品的國際貿易爭端與制裁。