目前在台灣合法的水產動物用藥品是指現行水產動物用藥品規範中所指定的動物用藥品，即安默西林、安比西林、脫氧羥四環黴素、江黴素、氟甲氯黴素、氟滅菌、北里黴素、林可黴素、歐索林酸、羥四環黴素、史黴素、磺胺二甲氧嘧啶、磺胺一甲氧嘧啶、甲磺氯黴素及三氯仿等共15品目。此15品目中前14品目為抗菌劑；最後1品目為抗寄生蟲劑。依據「獸醫師（佐）處方藥品販賣及使用管理辦法」第2條附表規定均屬於處方藥品，且須由動物飼主、動物飼養者或飼料廠依獸醫師（佐）處方使用。換言之，水產動物用藥品必須由獸醫師開具處方才能使用。執業獸醫師在開具處方使用水產動物用藥品治療疾病時，下列原則可作為參考。