我國因鄰近中國大陸，疫情不明且走私行為時有所聞；加上貿易自由化開放動物及其產品市場的新情勢及兩岸三通的外在環境壓力，促使疾病防疫工作倍加複雜與艱鉅。近十餘年間入侵我國而被檢出之動物疫病包括：馬炭疽病[4]、豬口蹄疫[3]、豬水疱病、牛茨城病、牛中山病、牛赤羽病、羊藍舌病[16]等七種新興動物疫病可資明證。本所為我國唯一國家級動物疾病診斷實驗室，為強化動物防疫檢疫措施以防範病原散播與蔓延，俾以確保我國農業生產安全以及動物與人類健康已成首重之務，而具備快速、正確的動物疾病診斷技能則為執行動物防疫檢疫工作成敗之關鍵。為保有本土畜牧產業之永續經營，降低經濟動物重要疾病之發生，除迅速確診疾病及研擬防治之道，亦須培植基層獸醫病理診斷人才，進而強化動物疾病診斷、監測與防治技術，健全動物疾病檢診之獸醫服務體系。