豬環狀病毒可分為Nonpathogenic PCV（Np PCV）以及Pathogenic PCV（Postweaning multisystemic wasting syndrome PCV；PMWS PCV）。二者皆含有一環狀單股之基因體，其分別包含有1759 nucleotides（nt）及1768nt，而Np PCV及PMWS PCV之間核酸序列相似性僅76%。將台灣分離之病毒株完成定序後與中國大陸、美國、加拿大與歐洲各國之PCV2基因序列進行樹狀圖分析與比對，由其結果可了解全世界各地之PCV2基因體相似性在95%-98%，顯示其基因體十分穩定。PMWS的典型症狀包括漸進性的衰弱、呼吸急促困難、偶有黃疸出現。解剖病變有間質性肺炎、淋巴腺病變、偶出現腎炎與肝炎。由台灣各縣市收集4-12週具有PMWS臨床症狀或剖檢及組織病變衰弱仔豬之各臟器（扁桃腺、淋巴結、脾臟、肺臟、肝臟等），總共已經收集到60戶養豬場319頭仔豬之臟器，經聚合酵素鏈反應(PCR)及限制脢切割分析（RFLP）檢測共計48場（80 %）225頭豬隻(70.5 %) 為PMWS PCV陽性病例，調查結果顯示豬環狀病毒在國內感染豬隻情況十分普遍。