目前在臺灣有二種口蹄疫非結構性蛋白(NSP)抗體檢測套組可資使用，分別是丹麥口蹄疫DVIVR NSP套組及UBI口蹄疫EIA NSP套組。丹麥口蹄疫DVIVR NSP套組應用在檢測無免疫豬隻、免疫的母豬、上市肉豬及肥育豬等之血清，其特異性分別為100%、98.2%、100%及100%。此外，104頭自然感染的豬隻血清用丹麥口蹄疫DVIVR NSP套組檢測結果，只有35%的血清是陽性反應；而UBI口蹄疫EIA NSP套組應用於檢測無免疫豬隻、免疫的母豬、上市肉豬及肥育豬等之血清，其特異性分別為99.5%、94.5%、100%及100%。此外，針對10頭經O/TAW/97病毒攻擊後的SPF豬隻血清，分別以丹麥口蹄疫DVIVR NSP套組及UBI口蹄疫EIA NSP套組進行檢測，結果顯示，丹麥口蹄疫DVIVR NSP套組只能檢測到感染第14天以後的血清檢體之NS抗體；而以UBI口蹄疫EIA NSP套組檢測結果，10頭SPF豬隻血清自感染第9天至第72天均能檢出NSP抗體。另外，針對免疫後及未免疫再感染口蹄疫的豬隻血清，分別以丹麥口蹄疫DVIVR NSP套組及UBI口蹄疫EIA NSP套組進行檢測，結果顯示，免疫後再感染的豬隻血清，不論是用丹麥口蹄疫DVIVR NSP套組或是UBI口蹄疫EIA NSP套組，均無法檢出NSP抗體；而未免疫即感染的豬隻血清，以丹麥口蹄疫DVIVR NSP套組可檢出感染第28天後的血清NSP抗體，而使用UBI口蹄疫EIA NSP套組則可檢測感染第14天以後的NSP抗體。