應用RT-PCR增幅4株台灣牛流行熱新分離病毒株HL2003、CH2004-1、 CH2004-2、KS2004 G醣蛋白基因片段，直接進行基因序列解讀，並自GenBank摘取其它毒株進行多序列比對及親緣樹分析。結果顯示亞洲株與澳洲株明顯不同，台灣株可以區分出疫苗株與野外毒株2個基因群。8株台灣病毒株核?核序列相似性介於97.3%-99.7%之間。初步解讀完成VAC1984疫苗株與YL2001全基因體，並與澳株比對，發現臺灣株在7972-7981非轉譯區位置，插入數個重覆序列。

　YL-2001毒株CH2004株與VAC1984疫苗株的高免血清，分別以交叉血清中和抗體力價測定，再以T test 分析，結果P值皆>0.05，顯示彼此無顯著差異。證實VAC1984疫苗株產生的抗體對這兩株新分離株仍具有保護性。
即時定量PCR是一種改良自傳統PCR的新技術，利用可與DNA 結合的螢光染劑在PCR 的增值過程中不斷地嵌入產物當中，並以電腦即時地偵測螢光訊號的強度來反映PCR 產物累積的程度，繼而分析螢光強度與PCR 循環數的關係再與已知量的標準DNA 相比較，將模板中所含的DNA 進行定性與定量分析。

　 建立SYBR green I即時PCR方法，偵測BEF病毒極限保守估計為300個病毒RNA，較傳統培RT-PCR敏感度性高100倍，送檢樣本檢出率高出5.26%，而且試驗反應時間僅需55分鐘，可作為臨床實驗室檢驗牛流行熱的一個新工具。