古典豬瘟（CSF），以前稱為豬霍亂，是由古典豬瘟病毒（CSFV）引起的一種重大的豬傳染病。CSFV的病原體屬於黃病毒科的瘟病毒屬[21]。CSFV的基因組由長度約為12.3 kb的正鏈RNA組成，並包含一個跨越11694個核苷酸的大開放閱讀框（ORF），其編碼由3898個氨基酸組成的多蛋白[20]。多蛋白經過蛋白水解處理以產生結構和非結構多肽[25]。病毒蛋白的排列順序如下（從N到C端）：Npro，C，Erns，E1，E2，P7，NS2，NS3，NS4A，NS4B，NS5A和NS5B。由衣殼蛋白C和三個包膜糖蛋白Erns，E1和E2代表的結構蛋白，而其餘的蛋白可能是非結構蛋白[21]。三種糖蛋白與病毒體的包膜有關[32]。

　　先前已經報導了與CSFV分離株的分子鑑別有關的病毒基因組不同區域的系統發生分析。分析的區域包括5 _ NTR [6、7、10、18、27、28]，E2 [18、19、33]，NS5B [3]，5 _ NTR和E2 [1、8]，5 _ NTR ，E2和NS5B [18，24]，5 _ NTR和NS5B [9]，E1 / E2 [17，37]，E2和NS5B [34,35]，5 _ NTR，E2 / NS2和NS2 [29]， 3 _ NTR [2，36]，以及完整的開放閱讀框（ORF）[22]。CSFV基因組的三個區域（5 _NTR，E2和NS5B）已被廣泛測序，並用於遺傳分析以研究分離株之間的多樣性。通過基因分型對CSFV世界分離株的定性分配將其分為三組，分為三個或四個亞組：1.1、1.2、1.3; 2.1、2.2、2.3；3.1、3.2、3.3、3.4 [24]。

　　對世界範圍內分佈的CSFV分離株進行分子流行病學分析，有助於追踪CSFV的地理起源並了解其傳播方式。1997年初，歐洲共同體發生了大規模的CSF流行病。 荷蘭， 意大利， 西班牙，最終 比利時[8]。基於5 _ NTR和E1 / E2區域的序列分析顯示，1997-1998年荷蘭爆發的分離株與CSF的一次小規模暴發密切相關。帕德博恩， 德國在1996年[37]。對E2和5 _ NTR部分序列數據的分析表明，帕德博恩 孤立（子組2.1）引發了荷蘭的爆發[22]。

　　中的CSF記錄 台灣 可以追溯到1938年 日本。為了控制這種具有高度傳染性的疾病，自1958年以來，減毒活的霍亂減毒豬霍亂霍亂疫苗株（LPC）已在該領域得到了廣泛應用。疫苗接種大大降低了發生率。然而，每年仍然有零星的爆發報告。這項工作的目的是分析收集到的豬瘟病毒分離株的系統發育關係。台灣 在1989年至2003年之間。