台灣分離豬瘟病毒株之 進化樹分析
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古典豬瘟（CSF）是豬和野豬中最隱蔽和破壞性最強的疾病，在世界大多數地區的養豬業中造成了巨大的經濟損失。腦脊液是由經典的豬瘟病毒（CSFV）引起的，豬瘟病毒是黃病毒科中瘟病毒屬的成員。CSFV的基因組包含一個單一的開放閱讀框（ORF），長度約為12.3 kb（Meyers等，1989； Meyers和Thiel，1996 ）。該ORF的兩側是5 0-非翻譯區（UTR）和3 0 -UTR，它編碼一種由約3898個氨基酸組成的多蛋白，該蛋白被病毒和細胞酶加工成四個結構體（C，E0，E1和E2 ）和八個非結構性（Npro，p7，NS2，NS3，NS4A，NS4B，NS5A和NS5B）蛋白（Thiel等，1991； Meyers和Thiel，1996 ）。
CSF病毒由一种血清型組成，反映出狹窄的進化差異（Vanderhallen等，1999 ）。因此，病毒的基因分型已被用於了解病毒的進化，傳播和疾病暴發的起源。病毒基因組中的三個區域5 0 -UTR，E2和NS5B被最廣泛地用於遺傳分析和基於序列同源性研究病毒多樣性（Hofmann等，1994; Lowings等，1996; Stadejek等人，1996； Greiser-Wilke等人，1998； Paton等人，2000 ）。使用5 0的96 nt區域進行分析-UTR，E2的190 nt區域和NS5B的409 nt區域產生了相似的分辨率，可將CSFV分為三個主要組及其子組。第1組及其三個亞組（1.1、1.2和1.3）構成了分佈在世界大多數地區的大部分歷史菌株（Lowings等，1996； Paton等，2000 ）。自1980年代以來，包含大多數當前病毒的第2組（分為亞組2.1、2.2和2.3）具有增強的活性並引起流行性感染（Paton等人，2000年）。最早的2.1株（VRI2277）是從馬來西亞在1986年（Vilcek等，1996； Paton等，2000 ）。在1990年代，2.1病毒引起了德國（Oleksiewicz等，2003 ），荷蘭（Widjojoatmodjo等，1999； Stegeman等，2000 ），瑞士， 奧地利， 意大利， 比利時， 西班牙（Paton et al。，2000 ），中國（Tu et al。，2001 ）和台灣。但是，第3組包含分佈在以下區域的不同病毒：台灣， 韓國， 日本， 泰國 和 英國（Sakoda等，1999； Paton等，2000 ）。
儘管自1950年代以來已使用減毒的弱化活疫苗（LPC）保護豬免受腦脊液感染。 台灣，暴發流行。我們對從1993年至2001年獲得的病毒進行了基因分析。我們的結果不僅確定了3.4株是台灣的歷史菌株，在1996年之後可能成為田間無聲株，而且還揭示出該病毒已經發生了轉變從3.4到2.1菌株的野生循環種群。