2011年度動物疾病診斷中心接受牧場及動物防疫機關送檢病例，應用病理學、分子學暨微生物學且配合流行病學等技術，進行重要動物疾病病原診斷、監測與牧場輔導等服務，計3,392例，豬隻342例中以呼道疾病為主，其中尤以豬環狀病毒第二型（PCV2）與豬生殖與呼吸症候群（PRRS）併發二次細菌性疾病為最，分析結果發現感染PRRS病毒豬隻年齡層明顯下降至哺乳豬，自2010年底PCV2疫苗引進後，不易自發病豬分離出PCV2但能以PCR方式檢測出病毒核酸，發病豬隻的肺部病變較以往輕微。