禽類肉毒桿菌中毒症係由肉毒桿菌（Clostridium botulinum）產生之神經毒素所引起，為候鳥及水禽重要之死亡原因之一，其中以C型及D型毒素最常見於禽類病例。彙整本所疾病診斷中心於2024年及2025年受理之疑似禽類肉毒桿菌中毒案例，以瞭解臺灣野鳥肉毒桿菌中毒症之發生情形。統計期間內共受理181件疑似案例，其中47件（26.0%）檢測陽性。2024、2025年分別收件113及68件，陽性分別為31及16件。檢測方法包括小鼠接種試驗及分子生物學檢測，其中11件為血清樣本則以小鼠試驗檢出肉毒桿菌毒素陽性，其餘36件死亡禽類或臟器則以分子生物學方法檢測毒素基因並進行型別分析。陽性案例主要分布於臺南市、嘉義縣及高雄市沿海濕地地區，以黑面琵鷺22件為主，其餘包括反嘴鴴及蒼鷺等水禽；病例發生時間多集中於每年11月至翌年3月。毒素基因分型結果顯示，C型21件（58.3%），C/D混和型15件（41.7%）。結果顯示，肉毒桿菌中毒症持續威脅臺灣候鳥及水禽族群。透過疾病診斷案件之彙整與病原分析，可增進對臺灣野鳥肉毒桿菌中毒症流行情形及基因型別了解，並作為相關防治措施之參考。