將1989 至 2003 年收集到的 158 個豬瘟病例針對 E rns rns 及 E2 封套醣蛋白基因，以RT-PCR增幅此兩區間並進行核酸定序及親緣演化樹分析。雖然兩者出現類似的樹形圖，但E rns比E2具有更好的區別效果。親緣演化樹分析結果顯示，115 個田間分離株歸屬於2.1亞群，又可進一步區分為2.1a 及2.1b，且此兩亞群都被認為是外來型病毒株，其餘的43個田間分離株屬於3.4亞群，被認為是本土型病毒株。2.1a 亞群病毒株最早發現於1994年，且於1995年以後成為田間優勢族群，然而3.4亞群病毒株盛行於1994年以前，但自1996年以後就無法從田間分離到。過去十餘年，我們戲劇性地看到台灣田間流行的豬瘟病毒從3.4 亞群轉變成2.1a 亞群，但不是從本土型病毒株的基因突變所造成。從基因庫資料分析發現，2.1a 亞群與德國分離株 Paderborn 及寮國分離株 L67 最相近，然而 2.1b 亞群與中國廣西省分離株最為相近。另針對完整的封套醣蛋白E 、E1 及 E2 以樹形圖分析27 個豬瘟病毒核酸序列，結果發現此區間相較於全長的開放讀碼區(ORF)更具有良好的區別效果。

關鍵詞：豬瘟病毒、瘟疫病毒、親緣演化樹分析、基因分型